Мьюту, показанный в фильме - это не тот Мьюту, с которым мы уже были знакомы по предыдущим полнометражкам. Этот, вернее эта Мьюту была также клонирована из Мью, одним злобным сумрачным гением. Мьюту уничтожила лабораторию после того, как ученые шокировали её разрядами электродов - вернее, она просто попыталась отшвырнуть их от себя своей психической атакой.

Затем Мьюту отправилась в странствие по миру, но во время бури её поразила молния. Мьюту упала на землю, в пещеру, где добрые покемоны помогли ей выздороветь.

Новая форма Мьюту, по видимому, некая скоростная её форма.

Генесект был воскрешён из окаменелостей Командой Плазмой, после чего успешно сбежал.

Город, в котором происходят события - Нью Торк (Нью-Йорк?), New Tork City, был родиной Генесекта в доисторические времена. Сейчас покемон-насекомое вернулся, чтобы попытаться вернуть себе назад свою территорию.

Генесект с водяной кассетой (Douse Drive), обладающий голосом маленького мальчика, сблизился с Эшем и встал на его защиту. Этот милый покемон совершенно не агрессивен, часто ностальгирует по цветочку, который рос когда-то у него на родине.

Красный Генесект - командир остальных генесектов, и, хотя и приказывает им наносить атаку за атакой, он отнюдь не злобная натура. Но зачастую он заставляет соратников атаковать против своей воли (чаще всего - Генесекта с водяной кассетой). Однажды, в момент такой атаки, на арену выступила Мьюту...

Всю остальную часть фильма Мьюту убеждает Генесекта пойти с ней. Они оба - покемоны, рождённые неестественным путём, и должны быть вместе.

Городские генераторы не выдерживают разрушений, нанесённых генесектами, и поджигают гнёзда покемонов-насекомых. Дикие покемоны, подвергавшиеся атакам весь предыдущий фильм, спешат на помощь и тушат пожар, что невероятно трогает генесектов. Генесекты прекращают бой.

Красный Генесект и Мьюту поднимаются над городом, оглядывая обрушившиеся стены зданий. Затем они поднимаются в космос, где глядят на Землю и Солнце и признают, что являются частью этого мира. И падают на землю, взявшись за руки и мчась с бешеной скоростью.

Другие генесекты плетут сеть, чтобы не дать двоим упасть и разбиться. Им помогают Драгонайт и Чаризард. Другие покемоны психического типа набирают воды из пруда и формируют водяные шарики, чтобы также смягчить падение.

Генесекты устраивают новое гнездо в Нью Торке, посреди цветов. Мьюту куда-то исчезает. Однако, в конце фильма показывают, как она смотрит на город сверху.

В фильме очень часто фигурируют дикий Саблай и Фералигатр. Фералигатр помогает потушить пожар, предназначение Саблая - не ясно. Возможно, на него обратили внимание затем, чтобы впоследствии анонсировать эволюцию для него.